Uploaden DNA

[Roy Weynschenk]

Ik heb mijn DNA al laten bepalen. Kan ik dit ook uploaden naar IGV en zo ja wat gebeurt er dan mee?

[H.J. Verbaarschott]

Misschien dat er een Indisch-Nederlandse databank voor dna gemaakt kan worden.
Met als doel door vergelijkingen verwantschappen aan te tonen.
Nazaten van Indische families leggen hun dna-profiel bij de bank.
En computerprogramma’s zoeken naar herkomst regio, neven en nichten, oudooms en oudtantes.
Kan dit ?
Zijn er nadelen bijv privacy.
Ik weet niks van mogelijkheden met dna-onderzoek, dus

[Maarten Fornerod]

Nee, je kan het niet uploaden naar de IGV site, maar er is wel een andere site, gedmatch.com, waar je je data kan uploaden en beschikbaar maken voor anderen, zonder je ruwe data prijs te geven (vanwege privacyredenen). Gedmatch.com is een gratis maar professioneel project, en ik stel voor dat iedereen die Indisch DNA laat bepalen hun data daar upload.
De gedmatch site lijkt wat intimiderend voor de beginner, maar als je alles rustig leest kom je er wel uit.
Wat je moet doen is het volgende:
1. Download je ruwe gegevens vanuit Ancestry of 23andme of familytreedna naar je computer. Dit gebeurd als zip file. Laat de file in het zip formaat (!!). Dus niet unzippen.
2. Registreer je bij gedmatch.com (Click HERE to register)
3. Upload je zipfile naar gedmatch.com (Raw DNA file Uploads, volg de instructies)
4. Aan de rechterkant van het gedmatch hoofdscherm komt als het goed is de status van je uploads (Your DNA Resources)
5. Wacht een paar uur tot een dag. Je DNA wordt in die tijd vergeleken met de hele database. De status kan je volgen.
6. Daarna kan je analyses beginnen te doen, te beginnen met “One-to-Many’ (vergelijk jezelf met de database) of voor de grap: predict eye color. Klopt vaak nog ook!
Neem de tijd om alles te lezen wat op de website staat. Probeer dingen uit. Vraag het op het forum!

[Tj. Schillhorn van Veen]

Alle waardering voor het DNA initiatief en het enthousiasme van Maarten Formerod maar ik mis een aantal waarschuwingen. Het valt mij op (via DuckDuckGo) dat er in Nederland niet zo veel aandacht aan de risico’s wordt besteedt (zie voor Engels-taaligen bv Wirecutter van 30/8/2017).
1. Privacy. Wat gebeurd er met de analyse resultaten en wat gebeurd er met het test materiaal? Het is bekend dat een aantal van de maatschappijen die deze testen aanbieden de resultaten ook verkopen aan de farmaceutische industrie en misschien zelfs aan verzekerings maatschappijen en anderen; de anonimiteit die ze de klanten verzekeren varieert (maar wat is anoniem in de huidige tech wereld?). Ook de politie heeft toegang tot de resultaten en tot het eventueel opgeslagen test materiaal.
Het verdient aanbeveling om de foldertjes heel goed te lezen of zelfs direct de test maatschappij te vragen over deze zaken: sommige maatschappijen zijn bereid om het test materiaal niet op te slaan en/of, op verzoek, de resultaten niet verder te gebruiken of uit te wissen.
2. De kwaliteit van de testen en maatschappijen varieerd. Dit compliceert onder vergelijkingen van resultaten (in Amerika hebben deze maatschappijen een qualiteits fiat nodig van de Food & Drug Adminstration).
3. Er zijn nog geen testen op de markt die specifiek zijn voor Aziatische genealogie (wel voor Afrikaanse bv “AfricanAncestry”) dus de resultaten zijn vrij globaal; maar uiteraard vaak leuk voor de familie etc.

Een database binnen de IGV is dan wel aardig, maar het lijkt me moeilijk om de privacy te waarborgen (“hackproof” te maken). Participanten moeten wel geïnformeerd worden over het risico dat hun gegevens niet meer volledig privé zijn. Ik neem ook aan dat er een soort aansprakelijkheid’s risico is voor de IGV als de data niet heel goed versleuteld zijn.

Tjaart

[Maarten Fornerod]

Beste Tjaart,

1. Privacy is inderdaad een belangrijk punt en we gaan daar binnenkort ook aandacht aan besteden. De “grote drie” (Ancestry, FamilytreeDNA en 23andme) hebben hier zeer stricte richtlijnen voor, zie daarvoor hun websites. Bovendien is bij elk van de drie precies aan te geven hoeveel informatie je wilt delen met anderen. Individuele ruwe DNA gegevens worden niet gedeeld tenzij je hier expliciet toestemming voor geeft. Overigens ben je niet verplicht je werkelijke naam te gebruiken bij het laten bepalen van je DNA, reden waarom verzekeringsmaatschappijen waarschijnlijk niet erg happig zullen zijn op deze data, als ze er al aan zouden kunnen komen. Wat wel zo is dat (Amerikaanse) opsporingsdiensten onder bepaalde voorwaarden toegang zullen kunnen eisen, en wellicht zijn geheime diensten ook erg geinteresseerd. Ook is het zo dat de DNA tests maar en klein gedeelte van je DNA variatie bepalen, 5-10%. Dit is genoeg om familieverbanden te ontrafelen, maar niet om alles te weten over bijvoorbeeld iemands gezondheid.
2. Wat kwaliteit betreft, de grote drie zijn in de USA gebaseerd, dus zouden een FDA goedkeuring hebben. Ik heb overigens mijn eigen autosomaal DNA bij zowel Ancestry en FTDNA leten testen, en de overeenkomst was >99%.
3. Een eigen DNA database aanleggen bij IGV lijkt me niet aan de orde. Dit is wat bijvoorbeeld privacy betreft helemaal buiten ons straatje.

Hartelijke groet,

Maarten

[Maureen Geeraths]

Ik heb mijn DNA ook al laten bepalen om te kijken waar uit Afrika mijn betovergrootvader kwam. Hij is ingelijfd in 1863 met meerdere Ghanezen om het KNIL te dienen in Indie en is daar met een inlandse vrouw getrouwd. Ik heb meer dan 900 matches maar het is niet makkelijk om te onderzoeken welk deel van het DNA nu belangrijk is om te matchen

[Ad Lans]

Hoi,
ik heb dit ook laten doen naar aanleiding van de lezing van Gerrit Woertman tijdens (ik dacht) de laatste ledenvergadering.
Ik heb uiteraard een uitslag gekregen, maar heb moeite deze te interpreteren en de overeenkomsten met anderen te zien.
Misschien kunnen we onze vragen aan hem voorleggen op de ledenvergadering van 17 maart.
Groeten ad

[Maarten Fornerod]

Hallo Maureen,

Met behulp van gedmatch.com en de Admixture tool (Harappaworld) kan je prachtig zien welk gedeelte van het DNA uit welke windstreek komt.

Je kan dan in de matches die je vindt in Gedmatch kijken welke matchen op de Afrikaanse gebieden.

Als voorbereiding op de ALV zou je alvast je ruwe data naar gedmatch kunnen uploaden, het duurt een tijdje (paar uur tot dag) voordat je het volledig kan analyseren.

Hartelijke groet,

Maarten

[H.J. Verbaarschott]

Ik heb een myheritage dnatest gedaan. De uitslag komt nog binnen.
Maar zit daar ook file bij, die ik kan uploaden naar gedmatch.com.
En zoekt myheritage met mijn profiel naar verwanten in hun profielenbestand ?

[H.J. Verbaarschott]

Hoe kan het testen van mijn DNA mij helpen om een familielid te vinden?
Naast het ontdekken van de etnische en geografische oorsprong van je voorouders, kun je ook onbekende familieleden ontdekken die enkele van je DNA-segmenten delen. Gezien de duizenden mensen die elke week DNA-tests ondergaan, neemt de kans toe om familie te vinden. MyHeritage vergelijkt uw resultaten met de profielen van alle MyHeritage DNA-gebruikers, die hun DNA al hebben getest. Vanuit de VS, Australië, in heel Europa en Azië, verbinden gezinnen zich voor het eerst met elkaar, dankzij het genetisch testen.

https://www.myheritage.nl/learn/genetic-testing

ok … de genetische test die ik bestelde is dus inclusief dna-profielen vergelijken in hun bestand en een gevonden individu melden … Toch ?

[Author]

Posts